29 Octobre 2018 : Olivier Voinnet, le nouveau Dreyfus ?

 Olivier Voinnet, le nouveau Dreyfus?

traduit en français à partir du site de Leonid Schneider

Une grande partie des médias et des universitaires français, et certainement aussi de la communauté internationale des sciences végétales, débattent désormais d'une théorie du complot toute chaude : et si Olivier Voinnet était réellement un innocent, un génie visionnaire qui était la proie d'une conspiration de collègues frauduleux et de bureaucrates intrigants? Je vais discuter ici la malhonnêteté et la manipulation des données répandues parmi les co-auteurs et pairs de Voinnet. La culture de la recherche française est-elle à blâmer?

Une grande partie des médias et universitaires français, et certainement aussi la communauté internationale des sciences végétales, débattent désormais d'une théorie du complot toute chaude : et si Olivier Voinnet était réellement innocent, un génie visionnaire qui était la proie d'une conspiration de collègues frauduleux et de bureaucrates intrigants? En effet, les élites de la recherche française et même le gouvernement de la République française ont maintenant levé un doigt accusateur sur le véritable coupable de tous les scandales de fraude en matière de recherche française : Leonid Schneider. J'ai tendance à être d'accord!

Le Comte de Monte-Cristo

En 2015, Voinnet a été reconnu coupable de méconduite en recherche, après que des manipulations de données aient été signalées dans environ 40 de ses articles, pratiquement l'intégralité du dossier de publication depuis sa thèse de doctorat avec l'Université d'East Anglia et le Sainsbury Lab au Royaume-Uni, en passant par son laboratoire de recherche CNRS à Strasbourg en France jusqu’à sa chaire actuelle de professeur à l'ETH en Suisse. Voinnet a même admis avoir manipulé des données, à des fins représentatives. 8 articles ont été rétractés et 18 corrigés à ce jour, et en 2015, beaucoup ont protesté en affirmant que le CNRS était en fait trop indulgent. En réalité, le président du CNRS de l'époque, Alain Fuchs, a ajusté les règles d'intégrité de la recherche pour éviter de limoger Voinnet. Le phytologue a cependant été pratiquement interdit de retourner travailler en France et s'est retrouvé coincé dans son exil suisse. Sa médaille d'or de l’EMBO et son financement de recherche ont été révoqués (sauf celui de l’ERC), et Voinnet est devenu persona non grata lors de conférences (lire ici et ici).

La deuxième enquête menée cette année par le CNRS et l'ETH a étudié certaines (mais pas toutes) des preuves supplémentaires, mais a conclu que Voinnet était uniquement coupable d'une supervision insuffisante. Cela a été soutenu par l'Université d'East Anglia, qui a annoncé que malgré 2 rétractations et plusieurs corrections embarrassantes découlant de ses recherches de doctorat, avec exactement les mêmes figures photoshoppées présentes dans sa thèse de doctorat, Voinnet est en fait innocent (lire ici).

La figure est un composite de plusieurs fragments séparés. Cela n'a aucune incidence sur les conclusions originales. Contrairement aux propres articles de Jessus ou de Voinnet, les données brutes existent, ici et ici.

Suite à ma prédiction (ou peut-être plutôt à mes intrigues conspirationnistes), l’ancien bras droit de Voinnet à Strasbourg, Patrice Dunoyer a été reconnu coupable d’avoir falsifié des données au fil des ans et derrière le dos de son maître. Dunoyer est devenu l’homme à huer ultime en France, Nature a déclaré son ancien patron innocent et a dénoncé la conspiration de falsifications de l'homme de main. L’éditeur a complètement oublié qu’ils n’avaient aucun problème à accepter les articles de Dunoyer il y a à peine un an. Le traître Dunoyer, porteur de la médaille de bronze du CNRS, a été exilé de France à l'autre bout du monde, dans son île natale de la Nouvelle-Calédonie (comme je l'ai signalé à l'origine ici). L’ETH a clairement indiqué qu'aucune autre preuve de méconduite contre Voinnet ne serait jamais recevable et que l'affaire était close pour toujours.

Voinnet lui-même a fait appel à un avocat pour obliger le CNRS à lever les sanctions de 2015 et a commencé à parler à la presse. Il a déclaré sa sympathie nouvellement découverte pour PubPeer pour son «aide à nettoyer la littérature de recherche» et a modestement déclaré :

    "Je ne suis pas Dreyfus, je ne suis pas un saint, je veux juste la vérité!"

Il n'est certainement pas Dreyfus, même si certains semblent le penser. Mais Voinnet a tout le potentiel pour revenir en France et en phytologie internationale avec une vengeance façon comte de Monte Cristo.

Schneider, ennemi de la République?

La France se trouve maintenant dans une situation particulière, du point de vue de l'intégrité de la recherche. Et j'avoue que c'est surtout ma faute, de mon reportage continu sur Voinnet, qui a commencé il y a presque 4 ans, aux récentes révélations d'une figure manipulée dans un vieil article du ministre français de la Recherche et de l'Innovation, Frédérique Vidal. J'ai initialement signalé une duplication, qui s'est ensuite révélée être un triplicata.

Le ministère de la Recherche a réagi rapidement et a annoncé qu'il poursuivait Leonid Schneider, sur les médias nationaux dans NewsTank. Voici comment le gouvernement français réagit face au simple fait de signaler des duplications de contrôles dans un gel :

 «Des accusations ont été portées à l’encontre une publication scientifique parue il y a 17 ans et co-écrite par sept auteurs, dont l'actuelle ministre de l'Enseignement supérieur, de la recherche et de l’innovation. Ces accusations inacceptables sont totalement infondées. L’objectif recherché par leur auteur est clair : déstabiliser la ministre. Face à ces accusations, la ministre étudie la possibilité d'engager des poursuites judiciaires. »

Je leur ai renvoyé mon salut à deux doigts.

Frédéric Dardel, biologiste moléculaire et président de l’Université Paris Descartes où le travail a été effectué, a ensuite expliqué dans le même article de NewsTank et sur Twitter que même si l’image du gel de Vidal est triplée, cela n’a pas d’importance. D'une part, il s'agit d'un contrôle de chargement, et de tels contrôles ne sont de toute façon pas pertinents. De plus, les similitudes sont de toute façon accidentelles car l'utilisation des mêmes échantillons sur le même appareil à gel produit des bandes de gel d'aspect similaire, si cet appareil à gel est branché sur l'Infinite Improbability Drive (cette théorie bizarre a été postulée auparavant par le biochimiste allemand Roland Lill).

    Bon, alors un petit thread de mise au point avec différents éléments sur l'article de @VidalFrederique dont deux figures sont mises en cause sur @pubpeer et sur lequel un journaliste de @newstankHER m'a interrogé lundi… ⤵

    - Frédéric Dardel (@FDardel) 20 octobre 2018

Dardel est également cité dans NewsTank avec ceci:

«L'université présidée par Frédéric Dardel a signé un accord avec Pubpeer car elle héberge l'un de leurs développeurs. L'un des deux créateurs de Pubpeer - Brandon Stell - est également chercheur dans une unité de recherche de l'Université de Paris.

    Pour Frédéric Dardel, Pubpeer est une « initiative intéressante » mais le système «échappe à ses concepteurs » parce que « certains, comme Leonid Schneider, en font une cour ».

 

CNRS, un marais frauduleux?

L'ancienne présidente du CNRS, Anne Peyroche, est sur le point d'être crucifiée alors que l'on ne sait toujours pas qui exactement a truqué les figures sur les papiers de son laboratoire. La biologiste en chef du CNRS, Catherine Jessus, serre la main de tous les puissants tandis que 500 de ses collègues ont signé une lettre stalinienne pour abolir la presse libre et initier des purges pour les dissidents (lire ici). Parmi ces signataires figurent l'ancien président du CNRS Alain Fuchs (qui en appelle désormais à la « présomption d'innocence » plutôt qu’aux preuves de manipulation de données), et Guido Kroemer, chercheur en cancérologie à Paris avec une formation CNRS et un impressionnant bilan PubPeer à propos duquel j'ai récemment écrit. L'actuel président du CNRS, Antoine Petit, m'a décrit, ainsi que d'autres commentateurs de PubPeer, comme des « trous du cul », a comparé les preuves de PubPeer dans les affaires de Jessus et Peyroche à de la calomnie de pédophilie, tout en menaçant de griller les commentateurs anonymes en utilisant la surveillance du deep net (lire ici).

Mais revenons à Voinnet et à l’affaire de l’Institut de Biologie Moléculaire des Plantes (IBMP) de Strasbourg, où Dunoyer aurait été occupé à falsifier les données de recherche de Voinnet dans le plus grand secret.

À la fin de cet article se trouve une liste des corrections et rétractations de Voinnet. Mais il y a en fait beaucoup plus d'articles qui n'ont jamais été corrigés, malgré de sérieuses preuves sur PubPeer. Comme cette beauté, Lecellier et al Science 2005. Dunoyer est le dernier auteur, mais ne nous pressons pas de le pointer du doigt. Charles-Henri Lecellier a en fait été expulsé de l'IBMP par Voinnet lui-même pour avoir manipulé des données dans son laboratoire. Je ne sais pas comment l’interpréter aujourd’hui, mais quoi qu'il en soit, Lecellier a été envoyé à Montpellier, où il a créé son propre laboratoire de manipulation de données dans la recherche sur le cancer. Lorsqu'il a été pris par ses collaborateurs au Luxembourg, il a reçu la plus haute protection de nul autre que Catherine Jessus (lire l'introduction ici). Lecellier n'a jamais eu à corriger un seul de ses articles, bien qu'il ait figuré en tant que co-auteur sur la toute première rétractation de Voinnet, ainsi que sur une autre rétractation (Vetter et al Oncogene 2010) que Jessus avait initialement empêchée, mais qui a finalement eu lieu en raison de mon rapport.

Jessus aidant Lecellier à éviter la rétraction.

Si quelqu'un devait prendre la peine d'enquêter sur cet article de Science 2005 (un indice : c’est peu probable), soyez assuré que Lecellier ne sera jamais impliqué dans quoi que ce soit. Il est bien protégé dans le milieu universitaire français, tandis que son collègue moins chanceux, manipulateur de données, Dunoyer, a dû recourir à ses impressionnantes relations familiales pour obtenir un emploi gouvernemental en Nouvelle-Calédonie.

Il y a davantage de noms suspects. Un article co-écrit par Voinnet de l'IBMP, Dunoyer et al Plant Journal 2002 a été corrigé en 2015. La correction contient une fausse figure, c'est apparemment aussi ce que l'enquête du CNRS et de l’ETH de cette année a découvert. Il faut du courage et un sens de l'humour très spécial pour simuler une correction, et il est également impressionnant que le journal n'ait pas pris la peine de vérifier. Voilà, une section d'arrière-plan a été mise en miroir et dupliquée.

Comme l'explique le rédacteur en chef de la revue Lee Sweetlove, la correction a été apportée par Dunoyer et l'autre co-premier auteur, Sébastien Pfeffer, aujourd'hui chef de groupe à Strasbourg, à l'époque doctorant à l'IBMP.

Hi @leesweetlove. Guess what Voinnet did. In that correction from 2015. https://t.co/vzwDq42iQB
Put fake data in, got caught, so he, @ETH and @cnrs blamed Dunoyer. Voinnet is now about to submit a correction of correction to your @ThePlantJournal pic.twitter.com/R5BOGYnUjP

— Leonid Schneider (visit my site for Covid19 cures) (@schneiderleonid) October 22, 2018

Cet article de Dunoyer et al 2002 contient de nombreuses données issues de la thèse de doctorat de Pfeffer de 2002. Y compris avec cette figure, qui a en quelque sorte été réutilisée dans un contexte différent dans l'article.

Comme cela a été mis en évidence, la photographie de la feuille de la plante est légendée différemment dans la thèse de doctorat de Pfeffer, elle montre une plante traitée avec un vecteur génétique différent de ce que représente la même feuille dans l'article de Dunoyer et al 2002. Peut-être une erreur innocente? Mais pourquoi cette autre image de cette thèse a-t-elle été réutilisée et non seulement re-légendée, mais également tournée à 180 °? Cela peut-il aussi être un oubli?

Peut-être que le journal devra publier une correction de la correction maintenant, et inclure ce nouveau matériel pour lequel on ne peut guère blâmer Dunoyer.

En fait, Pfeffer a fait une rétractation l'année dernière, Pfeffer et al J Virology 2002, (voir ici les preuves sur PubPeer). Mais à l'époque où la rétractation était encore toute fraîche et qu'un cirque itinérant d'experts Photoshop est arrivé à l'IBMP en mars 2017, tout le monde a apparemment préféré blâmer le co-auteur de Pfeffer pour cette rétractation, le malchanceux Dunoyer, et garder le porteur d'une bourse ERC Consolidator Grant loin des problèmes. Le fait que le père de Sébastien Michel Pfeffer soit un ponte émérite à Strasbourg et dans les universités françaises a pu compter, ce senior a même signé la lettre stalinienne en faveur de la fraude dans la recherche.

Sans Dunoyer

Passons à d’autres exemples de coauteurs douteux sur les articles de Voinnet. Une publication rétractée et très citée de sa période de doctorat en anglais, Voinnet et al Plant Journal 2003, a Susana Rivas comme co-auteur. Cette collègue espagnole, qui était jusqu'à récemment directrice de laboratoire CNRS à Toulouse, en France, a été surprise avec beaucoup de fausses données, quatre autres de ses articles ont été retirés pour manipulation de données (voir mon rapport ici). Son site Web institutionnel a été supprimé maintenant.

Qu'en est-il des autres articles rétractés et corrigés par Voinnet de sa période de doctorat? Il n'y a pas d'autres noms suspects dessus. Je suppose que le théoricien du complot devra accepter la responsabilité de Voinnet ici après tout, car le seul autre nom commun est celui de son directeur de thèse David Baulcombe, qui est maintenant à Cambridge. Baulcombe aurait plaisanté en disant qu'il « devait surveiller de près Olivier depuis le début », apparemment pas d’assez près.

Fait amusant 1 : l’affaire Voinnet a commencé à la fin de 2014, lorsque des détectives anonymes de PubPeer ont commencé à examiner les articles de Baulcombe.

Fait amusant 2 : Baulcombe a accueilli l'enquêteur externe de Voinnet, Witold Filipowicz, juste après avoir terminé son enquête à l'ETH (lire ici).

Fait amusant 3 : Baulcombe agissait en tant que rédacteur en chef contre les lignes directrices de PNAS sur les conflits d'intérêts pour l'article de Voinnet maintenant rétracté Moissiard et Voinnet, PNAS 2006 (plus ici).

Si nous suivons la logique du complot, qui blâmer ici ? Dunoyer n’est pas co-auteur, tout comme dans plusieurs autres articles rétractés et corrigés du laboratoire de Voinnet à l’IBMP et à l’ETH.

Comme ce Ciaudo et al PLOS Genetics 2013, rétracté pour manipulation de données après un échec de correction : Dunoyer n'en faisait pas partie non plus. En fait, pourquoi l’ETH n’a-t-il même jamais interviewé la première auteure Constance Ciaudo, qu’ils ont nommée professeur peu après son arrivée à Zurich en tant que post-doctorante de Voinnet ? Ou un autre exemple sans Dunoyer, l'horriblement faux Deleris et al Science 2006, que même les enquêteurs bienveillants de l'ETH ont décidé de faire rétracter. Marcia McNutt, alors rédactrice en chef de Science, a expliqué qu'elle avait choisi une correction pour ne pas nuire à la carrière des jeunes scientifiques parmi les auteurs. Grâce à cela, Angélique Deleris a fait plutôt bonne carrière, elle est chercheuse titulaire au CNRS et travaille sous un autre co-auteur de Voinnet qui a dû corriger son article de Science, Lionel Navarro.

Zero feedback from @sciencemagazine @Marcia4Science @aaas on Voinnet aftermath:ethical bankruptcy of academic elites https://t.co/nHnmheZPYu

— Leonid Schneider (visit my site for Covid19 cures) (@schneiderleonid) April 15, 2016

Si l’ETH n’avait pas clos définitivement l’affaire Voinnet maintenant, nous nous attendrions également à voir un autre article corrigé, ou peut-être pire : Mari-Ordonez et al Nature Genetics 2013, réalisé dans le laboratoire ETH de Voinnet, également publié sans Dunoyer. Le premier auteur Arturo Mari-Ordonez vient d'être nommé chef d’équipe au Gregor-Mendel-Institut à Vienne, en Autriche, et cette institution a également déclaré qu'elle n'enquêterait sur rien de tout ceci. Peut-être le feraient-ils si l'on pouvait en quelque sorte blâmer Dunoyer ? Un autre problème est que Nature Genetics est un journal un peu confus, dont le propre éditeur semble lutter avec l'intégrité dans la recherche dans ses propres articles (lisez ici).

Pas de Dunoyer sur ce papier 2013 de l'ETH ! Et assez récente pour demander des données brutes, à condition qu’elles existent. Mais l'ETH a refusé d'admettre ces preuves car l'affaire Voinnet est close pour toujours.

Là encore, l'article Sansregret et al PLOS Pathogens 2013 a été retiré après que le premier auteur canadien Raphael Sansregret m'ait avoué dans un e-mail de septembre 2015 avoir manipulé la figure 1B alors qu'il ne pouvait pas récupérer le contrôle de charge d'origine. Il m'a également déclaré que l’autre figure 6 problématique de cet article avait été manipulée par Voinnet et Dunoyer.

Devons-nous alors supposer une conspiration de masse contre Voinnet ? Tous ses collègues, membres de laboratoire et collaborateurs incapables de supporter son génie et son succès, mettant de fausses données pour saboter ses idées visionnaires autrement scientifiquement parfaitement solides ? Si nous suivons cette voie, nous devons inclure la spécialiste des plantes et lanceuse d'alerte américaine Vicki Vance dans le cercle des conspirateurs anti-Voinnet. Bien que ce soit un article de Dunoyer et al qu'elle a continué à rejeter en tant que peer reviewer en 2004, c'est Voinnet lui-même qui a continué à le soumettre à nouveau tout en manipulant ses données pour s'adapter aux critiques des relecteurs. Si l'on choisit de croire que Voinnet est innocent, c'est évidemment Vance qui a tenté de saboter ses recherches ici, non ? Ce papier est maintenant également rétracté, il s'agissait en fait de la toute première rétractation de Voinnet.

Pas de conspiration, juste une corruption massive

C’est très probablement non seulement Dunoyer, mais d’autres parmi les co-auteurs et collègues de Voinnet qui se sont également livrés à des manipulations de données. A l'IBMP, le photoshopping semble être une sorte de culture étrange, même la directrice Laurence Drouard fait partie du problème ici, si l'on étudie les articles qu'elle a publiés et les thèses qu'elle a encadrées. Avec un exemple aussi brillant que Voinnet pour montrer la voie du succès, qui peut blâmer ces universitaires membres de l'élite scientifique française? Eh bien, nous pouvons, mais très, très prudemment. Ce sont des gens puissants.

Certains autres co-auteurs de Voinnet savaient peut-être et étaient heureux de jouer de sa préparation créative de figures et de celle de Dunoyer, si cela signifiait de gros articles dans de grandes revues et de grandes carrières universitaires pour eux-mêmes. Ils sont toujours coupables, même s'ils n'ont jamais falsifié une figure de gel dans Photoshop eux-mêmes. Soumettre sciemment des données manipulées pour publication est toujours une faute en matière de recherche, peu importe qui a réellement fait le trucage. Mais la communauté scientifique a décidé que ces carrières universitaires étaient trop importantes pour creuser tout cela ou pour poser des questions. Nous avons vu la réaction ahurissante et erronée des élites françaises face à l'affaire Jessus, où même un critique des staliniens, Patrick Lemaire, a parlé de « méthodes douteuses que nous appliquions tous à cette époque ». Les élites scientifiques françaises sont-elles incapables de comprendre le concept de fraude à la recherche? Voinnet doit-il être dégagé de ses responsabilités car tout le monde le fait en France, et donc il n'aurait jamais pu apprendre les rudiments de l'intégrité de la recherche?

C'est bien sûr absurde, la plupart des chercheurs français savent certainement reconnaître le bien du mal, mais c'est une tout autre question de savoir quelle méthode scientifique le système académique français récompense le plus. Le triste état de l’intégrité de la recherche à Strasbourg, l’affaire de manipulation des données de Jessus et sa propre gestion des activités de Lecellier offrent quelques indices.

Alors maintenant, nous devons tout mettre sur le dos du seul bouc émissaire Dunoyer, et nous préparer à célébrer le prochain article de Voinnet dans un grand journal.

Pour ma part, je préférerais entendre ceux qui n’ont pas accepté la façon dont Voinnet fait de la science. Où sont ces membres ratés de son laboratoire ? Probablement même plus dans le monde universitaire.

RETRACTIONS de Voinnet :

1. Brigneti G.et al.,EMBO J (1998)
2. Voinnet, O.et al., Plant J. 33: 949-56 (2003)
3. Dunoyer P.et al., Plant Cell 16: 1235-50 (2004)
4. Moissiard G. and Voinnet O., Nat.l Acad. Sci.USA 103 (51): 19593 (2006)
5. Dunoyer P.et al., EMBO J (2010)
6. Dunoyer P. et al., Science 328 (5980), 912 (2010)
7. Ciaudo C.et al., PLoS Genetics 9(11): e1003791 (2013)
8. Sansregret R.et al., PLoS Pathogens 1(9): e1005207 (2013)

 

CORRECTIONS de Voinnet :

1. Ruiz MT et al, Plant Cell10: 937–946 (1998)
2. Voinnet O, et al., Nat.l Acad. Sci.USA 96:14147–14152; (1999)
3. Hamilton A.et al., EMBO J (2002)
4. Dunoyer P.et al., Plant J. 29: 555-67 (2002)
5. Parizotto E.A.et al., Genes & Development 18: 2237-42 (2004)           2nd Correction 
6. Dunoyer P.et al., Nature Genetics 38: 258-63 (2006) 
7. Navarro L. et al., Science 312(5772): 436-439 (2006)
8. Deleris A. et al, Science 313(5783): 68-71 (2006)
9. Moissiard et al, RNA 13: 1268–1278 (2007)
10. Haas G. et al, EMBO J 27, 2102-2112 (2008)
11. Ciaudo C.et al., PLoS Genetics 5(8): e1000620 (2009) 
12. Azevedo et al., Genes & Development: 24 (9): 904 (2010)
13. Bennasser Y et al., Nat. Struct. Mol. Biol. 18, 323–327 (2011)
14. Jay F,  et al. (2011) PLoS Pathog 7(5): e1002035
15. Brodersen P.et al., Proc. Nat.l Acad. Sci. USA 109: 1778-83 (2012) 
16. Gibbings D. et al, Nature Cell Biology 14, 1314–1321 (2012)
17. Schott G. et al, EMBO J 31, 2553-2565 (2012) 
18. Boccara M.,et al., PLoS Pathogens 10(1): e1003883 (2014)

Mise à jour 9.01.2018. News Tank a publié une interview d’Olivier Voinnet, qui est décrit comme le chercheur le plus honnête de tous les temps, victime de la fraude de Dunoyer et des intrigues de Jessus, et expert en intégrité de la recherche. L'interview est payante, pas même consultable sur Google, mais une personne aimable en a téléchargé une copie ici. Ne le téléchargez pas, cela attristerait News Tank, ils apprécient leurs droits d'auteur.

Mise à jour 18.01.2019. Surprise! Eh bien pas vraiment. Il s'est avéré que le même poulet de la légion du déshonneur, Francis-Andre Wollman, a également agi comme enquêteur original de Voinnet en 2015. Cela a été révélé par Le Monde,

Fondamentalement, Wollman a déclaré Voinnet coupable de fraude pour des manipulations de données très similaires trouvées plus tard dans les articles de Jessus. Pourtant, là, Wollman n'a rien vu de fâcheux. Le même type de copier-coller de bandes de gel peut être frauduleux ou parfaitement scientifique, selon qui a fait cela.

Je pense que la meilleure façon de célébrer cela est de signaler une duplication de gel dans un article co-écrit par Wollman l'année dernière, Wittkopp et al Plant J 2018

Mise à jour 23.01.2019. Une autre coproduction de Wollman, Cardol et al PNAS 2009.