19 Mai 2020 - Entretien avec Kaoru Sakabe, responsable de l'intégrité de la recherche chez JBC

 Entretien avec Kaoru Sakabe, responsable de l'intégrité de la recherche chez JBC

Traduit en français depuis le site de Leonid Schneider

Voici mon entretien avec Kaoru Sakabe, responsable de l'intégrité de la recherche au Journal of Biological Chemistry. Sa position dure sur la fraude scientifique sera-t-elle abandonnée, maintenant que l'éditeur s'est associé à Elsevier ?

Le Journal of Biological Chemistry (JBC), publié par l'American Society for Biochemistry and Molecular Biology (ASBMB), est connu pour son attitude pragmatique à l'égard de la manipulation des données. Les articles rapportés aux éditeurs de revues pour des figures falsifiées sont souvent rétractés, indépendamment de la taille, de l'importance et des liens des auteurs, de la protection de leurs universités et de leurs instituts de recherche et de la tolérance des autres éditeurs.

L'éditeur en charge de l'intégrité des données chez JBC et ASBMB est Kaoru Sakabe. Vous trouverez ci-dessous mon entretien avec elle, à propos des politiques éditoriales et de la réaction des auteurs scientifiques au fait d'être pris avec des données manipulées.

Même les poursuites judiciaires ne semblent pas effrayer l'ASBMB. L'éditeur est actuellement poursuivi par le pneumologue de Pittsburgh Raju Reddy, qui veut renverser sa rétractation JBC qu'il a lui-même signée à la suite d'une enquête de faute institutionnelle. ASBMB pourrait facilement s'en sortir et économiser d'énormes sommes d'argent en rétractant la rétractation, tout comme un autre éditeur, la Royal Society, l'a fait furtivement dans une autre affaire, lorsque l'avocat de Jonathan Pruitt est venu frapper à la porte.

Mais ASBM et JBC sont durs et ne reculent pas. L'éditeur s'est maintenant associé à Elsevier et est passé à l'Open Access, mais toutes les décisions éditoriales, y compris celles relatives aux rétractations, relèvent de l'ASBMB et de ses rédactions. Reste à savoir si le service juridique d’Elsevier tentera d’interférer malgré tout pour éviter que des tricheurs comme Reddy ne les poursuivent en justice. Elsevier ne retire certainement les articles que lorsque le rédacteur en chef ou les institutions des auteurs universitaires ou les auteurs eux-mêmes le demandent. Et parfois même pas quand c’est le cas.

Are you not worried Elsevier will prevent retractions? Serious question.

— Leonid Schneider (visit my site for Covid19 cures) (@schneiderleonid) May 12, 2020

C'est pourquoi la seule rétractation que la ministre française de la Recherche et de l'Innovation et ancienne présidente de l'Université de Nice, Frédérique Vidal, n'a pu empêcher, s'est produite à JBC. La neuroscientifique italienne Elisabetta Ciani, défendue par son université de Bologne et par des associations caritatives italiennes, n'a eu qu'à retirer des articles à JBC et nulle part ailleurs. Le chercheur australien sur le cancer Levon Khachigian, pour qui The Lancet est prêt à mordre la tête de tous les critiques, a obtenu une première, puis 3 autres rétractations JBC. C'est parce que parfois les éditeurs de JBC rétractent des articles en masse, après avoir examiné les œuvres du même auteur suspect dans leur journal.

Cela est arrivé au chercheur sur le cancer de l'Institut Weizmann Rony Seger, qui a perdu 9 articles en une seule fois, son collègue Yehiel Zick a suivi avec 3 rétractations, apparemment Weizmann a été pris par surprise. Le cas le plus célèbre est probablement celui du chercheur espagnol sur le cancer et le vieillissement Carlos Lopez-Otin, dont les 8 articles ont été rétractés par JBC malgré l'opposition de toute l'Espagne. Les rétractations ont incité les élites scientifiques espagnoles et même le gouvernement local à menacer de violentes représailles contre l'ASBMB, mais juste avant que l'Armada espagnole ne soit prête à naviguer et à tirer un coup de canon sur les bureaux de l'éditeur à Rockville, dans le Maryland, le chaos s'en est suivi lorsque Lopez-Otin a d’abord perdu un article dans Nature Cell Biology, puis son prix de mentorat Nature, et finalement son esprit, ayant commencé à prêcher des choses spirituelles et à flirter avec l'Opus Dei. Saint Carlos d'Oviedo est maintenant chargé par le gouvernement espagnol de guérir le COVID-19, ce n'est pas une blague.

Les politiques actuelles d'intégrité dans la recherche ont été établies à JBC par l'ancien rédacteur en chef Fred Guengerich, professeur à l'Université Vanderbilt à Nashville, et l'actuelle rédactrice en chef Lila Gierash, professeur à l'Université du Massachusetts Amherst, tous deux aux États-Unis.

Mais maintenant place à l'interview avec Kaoru Sakabe (KS), mes questions sont marquées de LS.

Kaoru Sakabe :

« J'espère que ces auteurs se rendent compte que nous suivons ces étapes pour nous assurer que la recherche que nous publions est reproductible et transparente et non parce que nous voulons les ennuyer »

Kaoru Sakabe

LS : JBC a une position très dure sur l'intégrité des données, non seulement sur les manuscrits soumis, mais aussi sur ceux publiés, même s'ils datent de dix ans. Pouvez-vous nous dire comment cette politique a évolué, quels en étaient les acteurs, et s'il s'agissait d'un processus lent ou graduel ? S'agit-il d'une politique ASBMB qui s'applique à d'autres revues ou d'une politique spécifique de JBC ?

KS : Chez JBC, les problèmes de manuscrit sont traités par le rédacteur adjoint, Fred Guengerich, et s’il est disponible, par le rédacteur associé qui a initialement géré le manuscrit. Ensemble, ils décident de l'action corrective appropriée. Le Dr Guengerich est impliqué dans toutes les décisions relatives aux images et en raison de son implication, je crois que nous avons traité ces problèmes de manuscrits de manière équitable et cohérente.

Le Dr Guengerich s'est impliqué pour la première fois lorsqu'il est intervenu en tant que rédacteur en chef par intérim en 2015, alors que l'ASBMB cherchait un nouveau rédacteur en chef (EIC) pour JBC. À l'époque, nous examinions uniquement les plaintes déposées par les lecteurs et les critiques et il a été surpris par le type de problèmes que nous voyions. À un moment donné, il a demandé que nous revoyions des images dans des manuscrits acceptés pour avoir une idée de l'ampleur de ce problème.

Dans notre premier écran (très petit écran), nous avons constaté que 10% de nos manuscrits acceptés contenaient des figures qui ne respectaient pas nos politiques éditoriales en matière de manipulation d'images avec 1% suffisamment sérieux pour refuser le manuscrit entier.

À ce stade, Lila Gierasch avait rejoint l’EIC. Les deux Drs. Gierasch et Guengerich savaient que la relecture d'images était une étape importante que la revue devait faire pour protéger l'intégrité de la recherche qu'elle publiait ; cependant, l'un des principaux obstacles que nous avions était la technologie. Le système de soumission de manuscrits que nous avions à l'époque n'était pas conçu pour mettre en œuvre une étape de relecture d'image avant l'acceptation. Une fois que la décision a été prise de mettre en œuvre le filtrage d'images, nous planifions notre transition vers eJournalPress, un système qui pourrait s'adapter à cette étape, nous avons donc décidé de déployer la relecture d'images.

Le chemin a été très long pour arriver là où nous en sommes, mais en fin de compte, je pense que cela a profité à la revue. Lorsque nous avons commencé la projection d’images chez JBC, nous refusions environ 4% de nos manuscrits qui avaient été provisoirement acceptés à JBC (nous en saurons plus sur ce processus ci-dessous). Cette statistique est beaucoup plus basse maintenant, à environ 1-2%. Toujours dans ce laps de temps, je crois que JBC a fait de grands progrès pour améliorer la transparence et la reproductibilité dans l'édition. Au début de mon mandat à l'ASBMB en octobre 2014, JBC ne fournissait pas de détails sur les raisons pour lesquelles un article avait été retiré ou rétracté. Le Dr Guengerich a réalisé que cette opacité n’était pas bénéfique pour les lecteurs de JBC et il a activement plaidé pour que cette politique change. Nous avons également développé du matériel pédagogique pour les auteurs.

Bien que je ne prenne aucune décision éditoriale sur un manuscrit, je conseille aux rédacteurs des trois revues, JBC, MCP et JLR, de veiller à ce que chaque revue suive nos politiques de manière cohérente.

LS : Comment faites-vous votre travail ? Quels outils et technologies utilisez-vous ? Une IA spécifique ou un autre logiciel ? Chaque article soumis est-il examiné pour détecter les irrégularités dans les données et à quel stade ? Avant l'acceptation ? Est-ce que seules les données d'image sont examinées, ou également des données numériques, par exemple des fichiers Excel ? Vraisemblablement aussi une analyse de texte pour plagiat ?

KS : JBC a commencé l’analyse d'images en 2017. J'ai une équipe de trois analystes. Ils font le gros du travail car ce sont eux qui examinent principalement nos papiers avant leur acceptation. L'un a une formation en production imprimée, un autre en animation et un autre est un scientifique formé avec un doctorat (http://www.jbc.org/content/294/12/4723).

Fondamentalement, une fois que l'éditeur associé a pris la décision d'accepter l'article, les auteurs sont informés que leur manuscrit va passer par une analyse d'image.

Lors de la mise en place du processus, nous avons consulté d'autres éditeurs qui avaient déjà mis en place le filtrage d'images et décidé que la détection avant acceptation serait la méthode privilégiée. Les analystes ne recherchent pas seulement des manipulations / duplications… ils s'assurent également que les figures sont vraiment de qualité de publication. Vous seriez surpris du nombre de figures qui nous sont soumises à 72 ou 96 ppp ou qui souffrent d’artéfacts d’image. Nous avons vu toutes sortes de méthodes d'assemblage et nous essayons de les envoyer sur la bonne voie afin que les futurs fichiers de figures soient prêts à être publiés. Nous ne sélectionnons pas tous les manuscrits soumis car cela prendrait trop de temps et allongerait le processus d'examen par les pairs.

Notre principale méthode d'évaluation des images est Photoshop. Nous avons essayé quelques autres logiciels / plugins qui existent et nous avons constaté que même s'ils sont bons pour détecter les manipulations, ils ne sont pas très bons pour trouver des doublons. À l'heure actuelle, nous n'avons pas la bande passante pour tout filtrer, sauf pour les images.

Certains manuscrits sont soumis à des contrôles de plagiat à l'aide d'iThenticate.

LS : D'où viennent les indices ? Par email de la part de lanceurs d'alerte comme Clare Francis ? Suivez-vous PubPeer ou même vous abonnez-vous à leur service de revues ? Ou examinez-vous activement les publications antérieures ?

KS : Les lecteurs inquiets, certains anonymes, portent à notre attention les publications problématiques. Bien que nous pensions qu’il est important de corriger la littérature, nous n’examinons pas activement les publications antérieures. En fait, nous faisons face à l’avenir et réfléchissons aux moyens d’aider les auteurs (stagiaires et directeurs) afin qu’ils n’aient pas à vivre l’expérience d’un manuscrit rétracté ou refusé (pour des problèmes d’images). Nous avons développé une page de ressources pour les auteurs (http://jbcresources.asbmb.org/) et nous avons écrit une série sur la préparation des figures (http://www.asbmb.org/asbmbtoday/collections/DueDiligence/). Nous avons également quelques vidéos sur notre chaîne Youtube (https://www.youtube.com/user/TheASBMB/videos). Nous avons quelques autres projets en cours et j'espère que nous pourrons bientôt fournir plus d'informations à ce sujet.

LS : Avez-vous remarqué un changement dans la qualité de la soumission, c'est-à-dire comment la politique a-t-elle affecté l'intégrité des données des manuscrits soumis à JBC ? Comment compareriez-vous l'incidence de la manipulation des données dans les articles soumis au début de la nouvelle politique et maintenant ?

KS : Je ne pense pas pouvoir évaluer cette question avec précision, mais je peux vous dire que le nombre d'articles que nous refusons pour des problèmes liés à l'image est en baisse.

Lorsque nous avons commencé le filtrage d'images, nous déclinions environ 4% de nos articles acceptés (c'est-à-dire les manuscrits qui ont fait l'objet d'un examen par les pairs et sont acceptés sous condition, sous réserve d'une vérification par analyse d'image). Ce nombre est maintenant tombé à 1-2%.

LS : La politique a-t-elle affecté le nombre total de soumissions ou leur qualité scientifique perçue ? Serait-il correct de supposer que JBC a perdu certains auteurs qui ne vous manquent pas vraiment et a gagné ceux que vous accueillez ? Qu'en est-il des éditeurs universitaires et des pairs évaluateurs, la politique a-t-elle eu un effet là-bas ? Quelqu'un a-t-il quitté le navire ou, au contraire, souhaitait-il le rejoindre ?

KS : Je dois dire que le processus de sélection d’images a été approuvé avec enthousiasme par tous les responsables éditoriaux de JBC. Ils ont tous estimé que c'était quelque chose qui devait absolument être fait. Depuis que nous avons commencé le dépistage d’images, je pense que la réponse a été principalement positive de la part de nos auteurs. Beaucoup sont reconnaissants que nous vérifions leurs papiers car nous avons remarqué quelques erreurs dans leurs chiffres ou leur texte, comme une faute de frappe ou des panneaux mal légendés. Vous pensez que les auteurs dont les articles sont refusés seraient en colère contre nous, mais nous avons constaté pour la plupart, exactement le contraire.

Les auteurs qui n'ont pas été impliqués dans les manipulations sont reconnaissants que ces problèmes n'aient pas été publiés. Certains auteurs correspondants nous sont revenus plus tard pour nous dire qu'ils avaient modifié les règles de leur laboratoire pour éviter que ce type de problème ne se reproduise.

Cela ne veut pas dire que nous n'avons pas ennuyé les auteurs avec nos demandes. Nous demandons aux auteurs d'inclure des marqueurs et des barres d'échelle ainsi que de noter tous les découpages de gel. Nous avons dû convaincre certains auteurs qu'il y avait effectivement des découpages de gel dans leurs figures et les avertir de ne pas enregistrer des informations telles que des marqueurs de poids moléculaire sur leurs taches. J'espère que ces auteurs se rendent compte que nous suivons ces étapes pour nous assurer que les recherches que nous publions sont reproductibles et transparentes et non parce que nous voulons les ennuyer.

LS : JBC n'a pas peur de retirer des articles frauduleux, même en masse, des mêmes auteurs. Comment les auteurs essaient-ils de se « défendre » ? Recevez-vous des menaces légales ? Même des lettres d'avocats ? Seriez-vous en mesure de partager certaines des excuses, explications ou menaces les plus scandaleuses que vous avez reçues ?

KS : Je ne peux pas commenter la première partie de votre question.

La plupart des explications sont normalement : même si les images ont été manipulées, elles n'affectent ni les résultats ni les conclusions du travail. Une autre explication standard est que les résultats sont entièrement reproductibles.

LS : Quelle a été votre impression générale sur la collaboration avec les universités et les instituts de recherche, dans les cas où les rétractations sont décidées uniquement par JBC, en l'absence de demandes institutionnelles ou de constatations de faute officielle ? De plus, lorsque vous rencontrez des problèmes dans un manuscrit soumis, JBC informe-t-il l’université de l’auteur correspondant ? Est-ce que JBC a une liste noire des auteurs qui ont été pris avec des données manipulées ? Si oui, comment fonctionne la liste noire en pratique ?

KS : Le seul commentaire que je puisse faire est que nous suivons nos politiques comme indiqué ici : https://www.asbmb.org/journals-news/editorial-policies#ethics. En fin de compte, les rédacteurs sont préoccupés par l'intégrité de la recherche publiée dans les revues et qui est généralement le facteur qui guide leurs décisions.

« Les conséquences suivantes peuvent se produire dans les articles contenant des violations des politiques éditoriales de l'ASBMB :

- les manuscrits soumis peuvent être rejetés ;

- les auteurs peuvent être invités à corriger ou retirer un article après sa publication ;

- l'éditeur peut retirer l'article ;

- des sanctions peuvent être infligées aux auteurs ; et / ou la question peut être renvoyée aux responsables institutionnels et / ou aux organismes de financement. »

We are excited to announce that @jbiolchem, @molcellprot and @jlipidres are transitioning to gold open access, making @ASBMB journals freely available to all starting in January 2021. Learn more about this decision here: https://t.co/1UC6Moi4MP pic.twitter.com/VrwlLmQ9RL

— Journal of Biological Chemistry (@jbiolchem) May 11, 2020

LS : Que pensent les autres éditeurs de la société de la politique JBC ? Certains envisagent-ils de mettre en œuvre une posture similaire (peut-être pouvez-vous même citer des exemples) ? Ou pensez-vous qu’ils préfèrent aller dans une direction exactement opposée, pour se faciliter les choses ? Et qu'en est-il des éditeurs commerciaux ?

KS : J'ai rencontré deux autres personnes occupant des postes similaires au mien dans deux autres sociétés (APS et ASM). Nous essayons de nous rencontrer tous les quelques mois environ pour échanger des idées. Je pense que l'objectif principal de nos trois sociétés est de s'assurer que la littérature publiée est correcte. Je ne peux pas commenter les politiques d'autres sociétés ou éditeurs commerciaux.

Je sais que la grande nouvelle concernant ASBMB ces jours-ci est que nous nous sommes associés à Elsevier afin de rendre nos revues en libre accès. Je peux dire que l'un des principaux points qu'il était important de conserver pour l'ASBMB était la capacité de prendre toutes les décisions éditoriales pour ses revues, et cela inclut la façon dont nous traitons nos articles problématiques.

LS : Pensez-vous que la « qualité » des contrefaçons s'améliore ? Pouvez-vous suivre les nouvelles technologies de manipulation de données ? Dans les années 2000, les gens ont principalement falsifié des images de gel, que manipulent-ils maintenant ? Selon vous, quels sont actuellement les points les plus faibles des sciences de la vie, quel type de données ressemble plus à une boîte noire dans laquelle même vous ne pouvez pas voir ? Le partage obligatoire des données brutes peut-il y contribuer, et JBC a-t-il des politiques à ce sujet ?

KS : Je pense que Jana Chrisopher, Elisabeth Bik et d'autres ont fait du bon travail en exposant certaines des contrefaçons « haut de gamme » qui existent - où les arrière-plans d'un immunoblot sont les mêmes, mais les bandes sont différents. En ce qui concerne les types de données manipulées, je ne peux vraiment commenter que les images.

Je suis sûre que d’autres types de données sont manipulés, mais je n’ai en aucun cas l’expertise pour les comprendre. Bien que je pense que le partage obligatoire des données brutes pourrait aider, des auteurs sont également connus pour fournir des données brutes manipulées.

Je pense qu'un problème majeur est que les stagiaires ne sont pas suffisamment formés aux normes de conservation des données. Ils n’ont enregistré qu’une image qui a été ajustée, de manière appropriée ou non, et non les images originales ni les fichiers d’imagerie natifs s’ils utilisent un système d’imagerie. Lorsque nous avons demandé des données brutes, certains auteurs ne peuvent localiser que ces images qui ont été ajustées.

ASBMB a certaines politiques concernant le dépôt de données brutes. Ces politiques affectent principalement les données structurelles et les données de type « omique ». Nous avons eu des discussions actives concernant le partage obligatoire d'autres types de données, et j'espère vous fournir une mise à jour bientôt.

LS : Cher Kaoru, merci beaucoup à vous et à l'ASBMB pour votre entretien.