15 Octobre 2019 - Patrick Legembre, l'auto-enquêteur

 Patrick Legembre, l'auto-enquêteur

Traduit en français depuis le site de Leonid Schneider

Le chercheur français sur le cancer Patrick Legembre travaille sur la mort cellulaire, mais ses données indiquent que ses cellules retrouvent la vie sous forme de zombies de différents types de cellules. Alors Legembre mène lui-même l’enquête sur sa recherche !

La France est une superpuissance scientifique, les ordres de maintenir les normes les plus élevées en matière de méconduite dans la recherche viennent d'en haut : l'Académie des sciences et la direction du CNRS, même la ministre de la Recherche est une chercheuse biomédicale avec ses propres problèmes, Frédérique Vidal. C’est une ancienne présidente d'université qui a récemment fait une rétractation, après que son ministère ait utilisé à deux reprises un journal payant pour menacer de me poursuivre en justice pour avoir divulgué des irrégularités dans ses travaux. L’université de Nice de Vidal a d’autres problèmes, comme en témoignent les articles publiés sur la liste PubPeer des professeurs niçois Bernard Rossi, Heidy Schmid-Antomarchi, Annie Schmid-Alliana, Jean-François Peyron et Dorota Czerucka.

Mais il ne s'agit en réalité ni de Vidal, ni de l'Université de Nice, ni des affaires antérieures du CNRS dont j'ai parlé, ni même de ce nouveau projet de la détective sur l’intégrité des données Clare Francis, à propos de la biologiste spécialisée dans les cellules souches de l'Université de Lyon Michelina Plateroti. Sérieusement, je n’arrive pas suivre, donc je préfère vous parler d’une histoire du chercheur sur le cancer Patrick Legembre, un jeune directeur de recherche à l'Université de Rennes, dont le laboratoire est financé par l'INSERM.

Lorsque des preuves de manipulation de données sont apparues sur PubPeer, Legembre est intervenu courageusement et a tout expliqué. Pour faire court : aucune des conclusions n'a été affectée. C'est apparemment une grande tradition française où les scientifiques soupçonnés de méconduite en recherche prennent le rôle d’être leurs propres enquêteurs, comme cela s'est produit dans le cas de l'ancienne biologiste en chef du CNRS Catherine Jessus, et même le phytologue en disgrâce Olivier Voinnet tente de s'imposer comme son propre enquêteur en chef.

Cela a été trouvé dans l'article Beteneau et al Cancer Research 2007, et partagé sur PubPeer :

Le dernier auteur Legembre a partagé les blots originaux et a expliqué :

« Ces gels originaux ont confirmé que les données des cellules Jurkat (cellules parentales) ont été réutilisées et ont malheureusement été remplacées par des cellules Jurkat-R dans le manuscrit du journal Cancer Research. Le schéma de formation de micro-agrégats stables CD95-SDS est similaire entre les deux cellules et cela pourrait expliquer cette inversion involontaire. Cette réutilisation (J immunol, 2003) de la cellule parentale et son inversion est fort malheureuse mais ne change pas le message… »

Le papier contenait également une image découpée, la figure met en évidence que le contrôle de chargement FAS était sur un gel différent des autres gels (au moins 2 autres gels) :

Ici aussi, Legembre a tenté de calmer les choses, inquiet du scepticisme éventuel de la revue :

« Il y a une découpe présente pour les immunoblots c-FLIP et FADD (découpe entre les clones Jurkat-R shFLIP1 et 2) car les clones 2 et 3 ont été déplacés lors du chargement du gel dans ces gels. Bien que ces erreurs par inadvertance n'affectent pas le message scientifique des données présentées, nous sommes désolés pour ces erreurs. Le journal Cancer Research a été contacté pour un rectificatif. »

La réutilisation accidentelle des données dans le laboratoire de Legembre semble épidémique. Cela s'est produit dans Fouque et al J Medicinal Chemistry 2015, comme rapporté sur PubPeer en septembre 2019. L'éditeur ACS a immédiatement publié une correction.

Legembre a expliqué :

« En effet, une erreur s'est produite avec les deux tests MTT, et le T47-D était, en fait, un copié-collé du MDA-MB-231 MTT. Le T47-D MTT a été remplacé et correspond désormais à l'IC50 illustré à la figure 2 B (voir figures ci-jointes). Sur la figure 6D, l'effet cytotoxique de DHM25 sur les cellules CEM mesurées par test MTT était identique à l'effet mesuré dans les cellules Jurkat. L'erreur provient des données du CEM et a été corrigée. Les immunoblots de la figure supplémentaire 1 ont été revérifiés et ils ne proviennent pas d'un copier-coller malencontreux. La similitude vient du processus de marquage et de stripping des anticorps (P-Akt blot, stripping et Akt reblot). »

Il peut en effet arriver qu'on recycle accidentellement un ensemble de données où toutes les légendes sont identiques sauf la lignée cellulaire utilisée, comme sur la figure 2a. Il est moins clair de savoir comment réutiliser accidentellement un seul contrôle entre deux ensembles de données de deux types cellulaires différents. Et peut-être que les experts en chimie de l'ACS ne savent pas que les western blots de protéines totales et phosphorylées devraient être similaires, mais pas identiques.

D'autres erreurs innocentes se sont produites dans Malleter et al Cancer Research 2013, et ont été rapportées sur PubPeer en septembre 2019.

Le dernier auteur Legembre était déjà prêt à résoudre le problème :

« Le contrôle CD95 (lysats) pour les immunoprécipitations CD95 dans les cellules MDA-MB-468 (figure 5D) était manquant et à la place, deux contrôles de chargement c-yes (src kinase) ont été représentés. Nous avons modifié la figure en ajoutant le contrôle CD95 pour cette expérience (voir figures ci-jointes). Les images en chambre de Boyden des cellules TNBC MDA-MB-231 et MDA-MB-468 étaient identiques sur les figures supplémentaires 5C et 5H. L'erreur vient des images montrées pour la lignée cellulaire MDA-MB-468. Par conséquent, nous avons remplacé ces images par les images correctes (voir figures ci-jointes). Ces figures modifiées ont été envoyés à l'éditeur de Cancer Research pour correction. »

Une malencontreuse inversion similaire de lignées cellulaires et de résultats s'est produit dans Khadra et al PNAS 2011, comme discuté sur PubPeer. Cet article mentionne une « Contribution de Michael D. Cahalan », co-auteur membre de la National Academy of Sciences USA. Cela signifie que le manuscrit a été publié dans PNAS sans un examen par les pairs approprié, une voie connue par les initiés régulièrement utilisée pour publier des données scientifiques de mauvaise qualité, des superpositions ou même des fabrications de données.

Il y avait aussi des graphiques réutilisés ainsi que des réassemblages d'images magnifiquement colorées tirées de l'article Tauzin et al PLOS Biology 2011, où Legembre est également le dernier auteur :

Cet article de PLOS Biology avait encore plus de problèmes, l'éditeur PLOS a peut-être été trop rapide en corrigeant le 8 octobre 2019 seulement pour ce qui apparaît à un lecteur occasionnel comme une simple faute de frappe. Cette étude à haut impact a notamment servi 5 ans plus tard de modèle pour l'article, Monet et al, Scientific Reports 2016 et a alors été critiquée sur PubPeer en septembre 2019 :

« Les lignées cellulaires correspondantes seraient différentes (PS120 surexprimant NHEI en 2016 alors qu’il n’est fait aucune mention de NHEI en 2011). Et… les conclusions scientifiques de ces deux articles sont également assez différentes »

On peut se moquer des rapports scientifiques de la poubelle de Nature et de leur contrôle qualité, mais il est toujours surprenant de savoir pourquoi PLOS Biology n’a eu aucun problème avec les western blots phospho-AKT vides dépourvus de contrôle positif. Si un doctorant apporte cela à son directeur, l'étudiant est renvoyé au laboratoire, pour refaire le gel avec un contrôle de chargement. Si un directeur d’équipe INSERM apporte ce même gel inutile à un journal d'élite, il est félicité pour un article accepté. Mais là encore, la revue Oncogene de Nature Publishing Group a accepté de Legembre une image totalement vierge (qui ne ressemble en rien à un vrai gel) comme substitut de la vimentine, dans Edmond et al 2015. Mais là encore, Oncogene est une revue très spéciale, ce qui va bien avec son rédacteur en chef Justin Stebbing.

En tout cas, l'avant-dernier auteur Legembre a expliqué le recyclage du Scientific Reports :

«Dans l'article PLoS Biology, nous avons représenté les données obtenues avec des cellules PS120-NHE1 reconstituées avec des constructions WT ou (1-175) CD95 et par inadvertance, nous avons indiqué PS120 au lieu de cellules PS120-NHE1 dans « matériel et méthodes ». Par conséquent, nous avons contacté les éditeurs de PLoS Biology pour remplacer « la lignée cellulaire fibroblastique de hamster PS120 » par « la lignée cellulaire fibroblastique de hamster PS120-NHE1 désignée PS120 dans le manuscrit » dans la section Matériel et méthodes de cet article. »

Par conséquent, ce que PLOS Biology corrigeait si ardemment n'était pas une simple faute de frappe, mais une caractéristique clé de la lignée cellulaire ainsi que le point plutôt essentiel de la présence ou de l'absence du produit du gène NHE1. Un résultat scientifique a été rétrospectivement modifié de manière significative, pour tenir compte d'une duplication d'image dans les rapports scientifiques. C'est vraiment intelligent de la part de Legembre, et je le salue ainsi que PLOS Biology pour cela.

Patrick Legembre reçoit le prix Jean Valade pour ses travaux de recherche sur les traitements du Lupus sur l’homme. C’est la première fois qu’un traitement ciblé est développé contre cette maladie !
➡️ https://t.co/BvnrVmWu7q pic.twitter.com/JdGgX8ft0Q

— Fondation de France (@Fondationfrance) March 28, 2019

Quelques autres erreurs innocentes n'ont pas encore été commentées par Legembre. Il semble que, dans son laboratoire, aucun ensemble de données n'est à l'abri d'une duplication accidentelle : Western blots, tests multi-puits avec spectrométrie, même la cytométrie en flux, comme dans Pizon et al Eur J Immunology 2011. Encore une fois, différentes lignées cellulaires partagent les mêmes profils FACS, et ce qui rend le papier si particulier : seuls quelques échantillons de données dans le panneau de l'ensemble de données combiné ont été réutilisés.

Une chose similaire s'est produite dans Edmond et al PLOS One 2012, comme cela a été diffusé sur PubPeer. Et avant cela, des données de cytométrie en flux ont été échangées entre Chaigne-Delalande et al Cell Death Diff 2009 et Guidicelli et al PLOS One 2009, l'ancien papier contenait également un western blot CD95 copié-collé pour deux lignées cellulaires différentes, comme discuté sur PubPeer, et pas encore commenté par le dernier auteur et enquêteur en chef de ses propres papiers, Patrick Legembre.

Peut-être que le laboratoire de Legembre est constamment bourré au cidre bon marché, cela expliquerait-il le mélange constant de données publiées ? Mais là encore, sommes-nous toujours sûrs que les conclusions ne sont pas affectées ?

Pour être juste, Legembre lui-même n'a jamais eu une compréhension assez forte du concept d'intégrité des données. Cet article Legembre et al Cell Cycle 2004, de sa période postdoctorale avec Marcus Peter à l'Université de Chicago, USA, permet de le voir.

« Plusieurs « coupes » apparaissent dans plusieurs panneaux (Fig1A, 2B, 3B ; flèches orange). »

Déjà en 2004, lorsque le découpage de gels dans Photoshop était prétendument parfaitement accepté, Legembre savait évidemment que cette pratique devait être indiquée par des lignes verticales ou un espace vide, comme il l'a fait dans la figure 1A. Mais pour une raison quelconque, il a choisi de ne pas indiquer les autres événements de découpage à 8 voies dans le même article, y compris dans cette même figure 1A. Legembre était également occupé à découper des gels dans ces articles du laboratoire de Peter, Legembre et al J Biol Chem 2004 et Barnhart et al EMBO J 2004 :

La même pratique a été appliquée en France, lorsque Legembre est devenu chercheur principal dans le laboratoire de Jean-François Moreau à l'Université de Bordeaux, dans Legembre et al Mol Cell Biol 2005.

Avec autant de preuves de plus en plus nombreuses sur PubPeer, Legembre n'a pu que commenter son article PNAS :

« Nous recueillons des données pour présenter une version corrigée aux éditeurs de PNAS. Cela prend du temps en raison du fait que ces données proviennent de différents laboratoires. »

Traduction : au cas où les conclusions seraient affectées après tout, c'est quelqu'un d'autre qui l'a fait.

Des erreurs par inadvertance n’affectent pas le message scientifique des données présentées… c’est très malheureux mais le message ne change pas…

Mise à jour 17.10.2019

Deux sources indépendantes m'ont informé que Patrick Legembre était accusé d'intimidation et de comportement désobligeant envers des subordonnées féminines, par exemple il aurait présenté une femme membre senior du laboratoire à un collègue comme « un âne paresseux ». L’INSERM a apparemment perdu devant le tribunal administratif en tentant de faire révoquer le mandat de Legembre. Il est maintenant réintégré. Je partagerai plus d'informations lorsque je les recevrai.

Mise à jour 18.10.2019

J'ai contacté le bureau de presse de l'INSERM avec les informations de la mise à jour ci-dessus. J'ai maintenant reçu cette réponse du chef du service de presse, Priscille Rivière :

« Monsieur Legembre est chercheur Inserm

Une procédure est toujours en cours et pour cette raison l’Inserm ne la commentera pas.

Notre délégation à l'intégrité scientifique est à la disposition de toute personne qui souhaite la saisir pour un doute ou une question sur des travaux scientifiques. »

J'ai suivi l'invitation et ai déposé une notification officielle de présomption de méconduite en recherche auprès de Ghislaine Filliatreau, Responsable de l'intégrité scientifique Inserm

Mise à jour 2.04.2020

Legembre aurait été transféré de Rennes dans un institut CNRS-INSERM à Limoges, où il est répertorié comme « chercheur invité ». Voir cet organigramme de mars 2020 :