11 Novembre 2019 - Succession au trône académique : d'Anne Dejean à Oliver Bischof

 Succession au trône académique : d'Anne Dejean à Oliver Bischof

Traduit en français depuis le site de Leonid Schneider

Anne Dejean est une chercheuse très importante travaillant sur le cancer en France. À qui léguera-t-elle son laboratoire de l'Institut Pasteur à sa retraite ? L'étoile filante allemande Oliver Bischof est l'homme idéal pour poursuivre le métier de Dejean.

Clare Francis a récemment enquêté sur un autre groupe de scientifiques français et a publié à ce propos sur PubPeer. L'une de ces scientifiques est la chercheuse en cancérologie Anne Dejean-Assemat, directrice de recherche Classe Exceptionnelle à l'INSERM et professeur à l'Institut Pasteur de Paris. L’autre est son disciple allemand Oliver Bischof, maintenant chef d’équipe sous la direction de Dejean. Il est très probable que Bischof se prépare à succéder à Dejean lorsqu'elle prendra sa retraite. Et pour être honnête, vu la façon dont ce laboratoire de Pasteur est géré, il est définitivement la bonne personne pour ce travail.

Voici le CV de Dejean, tel que présenté par son laboratoire « Organisation Nucléaire et Oncogenèse » à l’Institut Pasteur :

« Anne Dejean est Directrice de Recherche à l'INSERM, Professeur à l'Institut Pasteur et Directrice du Laboratoire « Organisation Nucléaire et Oncogenèse » / INSERM U993. Elle est diplômée de l'Université Pierre et Marie Curie de Paris et a obtenu son doctorat dans le laboratoire de Pierre Tiollais à l'Institut Pasteur en 1983. Membre de l'EMBO et de l'Académie des Sciences, elle a reçu le Prix Gagna et Van Heck en 2003, le prix L'Oréal-UNESCO pour les Femmes et la Science en 2010, le Grand Prix INSERM en 2014 et le Prix Sjöberg en 2018. Elle a reçu deux ERC Advanced Grants, en 2011 et 2018. »

Congratulations to Anne Dejean, Head of the Nuclear Organization and Oncogenesis Unit at the @institutpasteur, awarded an #ERC Advanced Grant. #ERCAdG @ERC_Research @Inserm https://t.co/z47fqHDznW

— INSTITUT PASTEUR (@institutpasteur) March 29, 2019

Je voudrais vous montrer comment le professeur Dejean a pu accomplir tant de choses. Et oui, je sais que les dirigeants du Conseil européen de la recherche (CER) ne croient pas à l’intégrité dans la recherche, mais quand même. La communauté scientifique a le droit de savoir qui reçoit un tel financement public exclusif pour sa recherche et comment cela est possible alors que des scientifiques honnêtes se le voient systématiquement refusé. La nouvelle subvention avancée à Dejean pour un montant de 2,5 millions d'euros pour « Déconstruire le rôle de SUMO sur la chromatine dans l'identité cellulaire et la réparation tissulaire » a été décernée en 2018, et ne vous inquiétez pas, elle se poursuivra parfaitement pendant les 5 prochaines années. Sur ce point, vous pouvez faire confiance à l’ERC. Carlos Lopez-Otin bénéficie de sa subvention en cours malgré les rétractations, le meurtre de souris, la falsification de données admise et la cessation des activités de recherche, et même la fraudeuse avérée Maria Fousteri est libre d'utiliser la totalité des 2 millions d'euros à sa guise, même après que l'université en ait informé l'ERC.

« Psst Oliver, je pense qu’ils en ont après nous. Souris, fais semblant que les conclusions de l’étude ne sont pas modifiées » - Images originales: YouTube/Vetenskapsakademien et ISCA 2019

Mais maintenant, une ou plusieurs personnes dans le laboratoire de Dejean ont été méchantes. Nous ne pouvons pas savoir qui, mais la preuve de leur méchanceté est là. Regardons ce papier vieux de près de 20 ans :

F. Lehembre, P. Badenhorst, S. Müller, A. Travers, F. Schweisguth, A. Dejean Covalent modification of the transcriptional repressor tramtrack by the ubiquitin-related protein Smt3 in Drosophila flies Molecular and Cellular Biology (2000) doi: 10.1128/mcb.20.3.1072-1082.2000

Normalement, les pistes de gel ne se multiplient pas comme ça, à moins que les auteurs ne soient en désaccord avec leurs résultats expérimentaux réels et décident de leur prouver le contraire, en utilisant Photoshop, ou dans ce cas précis, probablement les bons vieux ciseaux et de la colle. Peut-être que le problème est suffisamment sérieux pour que la revue annule sa stratégie de délai de 6 ans ? Après tout, la revue MCB a déjà dû corriger un article co-écrit par Dejean de l'INSERM à Paris, pour des données dupliquées (Erker et al MCB 2013).

Ou comment cela se passe-t-il, dans le même journal, mais 5 ans plus tard ? Quelque chose d'horrible est arrivé à la figure 3C en 2005, cette fois c'était probablement l'outil de recherche biomédicale révolutionnaire « Photoshop » qui a été appliqué :

O Bischof, K Nacerddine, A Dejean Human papillomavirus oncoprotein E7 targets the promyelocytic leukemia protein and circumvents cellular senescence via the Rb and p53 tumor suppressor pathways Molecular and Cellular Biology (2005) doi: 10.1128/mcb.25.3.1013-1024.2005

Comment se fait-il que 3 des 4 bandes du Western blot PML en haut semblent si similaires, surtout après une rotation ? De plus, les deux bandes E7 centrales semblent être des images en miroir l'une de l'autre, et il s'est avéré que les deux premières bandes p53 sont étrangement similaires, et il en va de même pour les bandes CBP ci-dessous.

Comment Dejean et Bischof ont-ils exactement prévu de guérir la leucémie avec cette technologie ? Un an plus tard, ils ont publié un autre article avec des problèmes similaires, dans lequel certaines des données de Bischof et al. MCB 2005 ont apparemment été réutilisées dans un nouveau contexte passionnant. Heureusement, le nouveau journal était Molecular Cell, ce point de vente d'Elsevier semble avoir une obsession malsaine à attirer et à cultiver des données manipulées.

O Bischof, K Schwamborn, N Martin, A Werner, C Sustmann, R Grosschedl, A Dejean The E3 SUMO ligase PIASy is a regulator of cellular senescence and apoptosis Molecular Cell (2006) doi: 10.1016/j.molcel.2006.05.016

Maintenant, qu'avons-nous ici ? Un ensemble de 3 bandes de la figure 2C de MCB 2005 qui était autrefois la protéine p53, mais qui est ensuite devenu en quelque sorte Rb, une protéine très différente. L'un de ce trio de bandes sautantes a attrapé un autre ami et s'est à nouveau cloné pour devenir une autre protéine, la cycline D1 sur la figure 4E de Molecular Cell. Il n'est pas utile que la légende de l'échantillon soit différente pour chaque instance. Et puisque nous discutons de la permutation magique de p53 en protéine Rb, regardons la figure 4A :

La bande a même été hyper-phosphorylée en se transformant de p53 en pppRb. Il y a encore plus de joyaux dans cet article de 2006, regardez la figure 6H :

« Figure 6H. Panneau PIASy. Toutes les bandes se ressemblent beaucoup. »

Se peut-il que le panneau supérieur de Western blot montre la même bande partout, copiée avec un retournement occasionnel ? Est-ce que quelqu'un connaissait le fameux PIAS (Play It Again, Sam, ou « Rejoue-le, Sam » en français) ici ? La figure 6F présente également ce que les experts de l'Institut Pasteur appelleront probablement « une duplication par inadvertance ».

Maintenant, Clare Francis a signalé tous ces problèmes et bien d’autres aux éditeurs de Molecular Cell, mais c'est un peu comme écrire à Philip Morris pour se plaindre que quelqu'un fume dans un restaurant. Ce journal de Cell Press a choisi de ne rien faire du tout contre les articles frauduleux de l'ancienne présidente du CNRS Anne Peyroche, et a rejeté les demandes de rétractation dans le cas de Maria Fousteri.

"We work at @institutpasteur on SUMO and chromatin, a work which opens avenues to target a druggable pathway in clinical settings such as regenerative medicine and #cancer treatment", Anne Dejean. #Pasteur130Ans pic.twitter.com/8o3LMhN8YB

— INSTITUT PASTEUR (@institutpasteur) May 17, 2019

Avant que le premier auteur de ce chef-d’œuvre photoshoppien ne rejoigne le laboratoire Dejean à Paris, l’allemand Oliver Bischof a effectué un bref post-doctorat au laboratoire de Farzin Farzaneh au King’s College de Londres. Il y avait aussi beaucoup à apprendre : Farzaneh a récemment fait l'objet d'une enquête pour manipulation de données, mais aucune méconduite scientifique n'a été trouvée, seulement des « mauvaises pratiques de recherche » qui ont nécessité des errata dans 5 revues.

Entre les postdocs chez Farzaneh et Dejean, Bischof a effectué un passage au laboratoire de Berkeley de Judith Campisi, une chercheuse vedette dans le domaine de la sénescence cellulaire. Cette collaboration a fait avancer le domaine de la recherche avec cette contribution importante :

O Bischof, S Galande, F Farzaneh, T Kohwi-Shigematsu, J Campisi Selective cleavage of BLM, the bloom syndrome protein, during apoptotic cell death The Journal of biological chemistry (2001) doi: 10.1074/jbc.m006462200

Symétrie parfaite, grâce au Bischof du Photoshop

Ceci ne peut pas être arrivé par accident, peu importe à quel point le Bischof était ivre, parce que les bandes supérieures et inférieures sont censées avoir été sur un gel solide. Il est impossible que les bandes 20/46 supérieures deviennent accidentellement des bandes 20, retournées en bas.

Les manigances se sont apparemment poursuivies à Paris. Ce dernier article de l'Institut Pasteur que Bischof montre fièrement parmi ses publications sélectionnées :

M Ogrunc, RI Martinez-Zamudio, P Ben Sadoun, G Dore, H Schwerer, P Pasero, JM Lemaitre, Anne Dejean, O Bischof USP1 Regulates Cellular Senescence by Controlling Genomic Integrity Cell Reports (2016) doi: 10.1016/j.celrep.2016.04.033

Maintenant, je dois avant tout annoncer que le premier auteur Müge Ogrunc et moi avons travaillé ensemble pendant plusieurs années dans le même petit laboratoire de recherche sur les dommages à l'ADN de l'IFOM à Milan, en Italie. J'ai essayé de contacter Müge à propos de ce western blot CHK-1 copié et retourné, mais je n'ai reçu jusqu'à présent aucun commentaire. Mais mon ancien collègue Müge n'a rejoint le laboratoire Dejean-Bischof à Pasteur que pendant deux ans, 2015-2017, alors que les problèmes d'intégrité des données remontent à loin.

Dejean a maintenant 62 ans et prendra probablement sa retraite dans quelques années, peut-être à la fin de sa nouvelle bourse ERC. Avec Bischof, elle a préparé un digne successeur pour reprendre son activité artisanale, qui commence désormais à conquérir de nouvelles sources de subventions : la recherche sur le vieillissement ou la sénescence. L'éthique générale de la recherche très discutable dans le laboratoire Dejean transparaît dans des exemples comme celui-ci :

N Martin, K Schwamborn, V Schreiber, A Werner, C Guillier, XD Zhang, O Bischof, J Seeler, A Dejean PARP-1 transcriptional activity is regulated by sumoylation upon heat shock The EMBO Journal (2009) doi: 10.1038/emboj.2009.279

Maintenant, l'article a 10 ans, et les auteurs français et allemands pourraient déclarer qu'ils ont raté les directives antérieures dans l'édition biomédicale où le découpage de gel devait être évité, et lorsque cela n'était pas possible, devait être clairement indiqué, car ces directives étaient en anglais. Mais le fait est que sur la figure 4B, ils ont indiqué par une ligne verticale noire claire le découpage dans un cas, mais ils ont choisi de ne pas le faire dans l'autres cas. Pourquoi ? Parce que vous ne pouvez pas comparer le signal d'un traitement + vs - sur un gel découpé. Bref, les auteurs ont arnaqué l'éditeur d'EMBO, les pairs examinateurs et la communauté scientifique tout en sachant parfaitement que ce qu'ils ont fait n'était pas correct.

[📝Communiqué] Félicitations à Anne Dejean-Assémat et Hugues de Thé, lauréats du prix #Sjöberg 2018 décerné par l’Académie royale suédoise pour leurs recherches sur la leucémie aiguë promyélocytaire, une des formes les plus agressives du cancer du sang pic.twitter.com/UNBtoqb5Wg

— Frédérique Vidal (@VidalFrederique) February 13, 2018

Ou que diriez-vous d'un autre article contemporain, avec les mêmes auteurs clés :

N Martin, K Schwamborn, H Urlaub, B Gan, JL Guan, A Dejean Spatial interplay between PIASy and FIP200 in the regulation of signal transduction and transcriptional activity Molecular and Cellular Biology (2008) doi: 10.1128/mcb.01210-07

Maintenant, ceci peut ressembler à un découpage de gel bâclé mais innocent par ailleurs, mais ce n'est pas le cas. Les bords des découpages horizontaux montrent que quelque chose de plus sinistre qu’une simple excision de pistes de gel non pertinentes a eu lieu. Le panneau PIAS de la figure 2A est apparemment un collage de diverses bandes de gel tordues dans Photoshop, la même chose est arrivée au panneau PIAS de la figure 3C. Là, cependant, les bandes n'étaient pas simplement collées au hasard : elles étaient précisément disposées dans Photoshop sur une échelle, pour indiquer la protéine PIAS transgénique vs endogène. Fondamentalement, c’est encore une fois un « PIAS » par Anne Dejean et son laboratoire, et encore une autre raison pour que l'éditeur American Society for Microbiology (ASM) étudie ces travaux plus anciens dans sa revue MCB.

Ce qui suit est un article collaboratif de l'Institut Pasteur, peut-être que Dejean pourra vérifier si les figures problématiques ont été réalisées dans son laboratoire.

CA Renard, C Labalette, C Armengol, D Cougot, Y Wei, S Cairo, P Pineau, C Neuveut, A De Reyniès, A Dejean, C Perret, MA Buendia Tbx3 is a downstream target of the Wnt/beta-catenin pathway and a critical mediator of beta-catenin survival functions in liver cancer Cancer Research (2007) doi: 10.1158/0008-5472.can-06-2344

Pas seulement un découpage de gel, une bande b-cat a été de toute évidence clonée sur la figure 1B. Même Nature, où Dejean a beaucoup publié, n'était pas en sécurité. Ce journal a cependant répondu à Clare Francis et a annoncé se pencher sur l'affaire. En soi, il n’y a qu’un gel SUMO dupliqué :

D Ribet, M Hamon, E Gouin, MA Nahori, F Impens, H Neyret-Kahn, K Gevaert, J Vandekerckhove, A Dejean, P Cossart Listeria monocytogenes impairs SUMOylation for efficient infection Nature (2010) doi: 10.1038/nature08963

Mais compte tenu de ce qui s'est passé et de ce qui se passe encore dans le laboratoire Dejean et maintenant Dejean-Bischof ? Eh bien, les pires choses ont fini stratégiquement dans Molecular Cell. Nous avons affaire à de vrais professionnels ici.

L'INSERM connaît déjà bien les preuves de PubPeer. Clare Francis a également informé l'Institut Pasteur, et son président Stewart Cole lui a répondu :

« Conformément à notre pratique en la matière, j'ai chargé le Comité pour l'intégrité scientifique de mener une enquête sur ces allégations. Cela prendra un certain temps. Les directeurs de recherche concernés ont été informés. »

Maintenant, je ne serais pas surexcité avec une telle réponse. L'Institut Pasteur a précédemment enquêté sur une autre affaire, relative à leur collaboration avec l'actuel recteur du Karolinska Institutet, et n'a trouvé aucune manipulation de données même si les auteurs admettaient une possible triplication de pistes de gel, alors que les données originales présumées ne correspondaient pas.

Ma prédiction : conclusions non affectées, données originales malheureusement mangées par des chèvres.