Ceci est une traduction française de deux articles d'Elisabeth Bik, parus sur son site web :
Remarque préliminaire : Voici un chapitrage pour accéder directement à la partie souhaitée :
Partie 1 : Duplications d'images
Partie 2 : (Il)légalité des essais cliniques
En mars dernier, j'ai fait part
de mes
préoccupations concernant un
article de l'IHU-Méditerranée
Infection (IHUMI) / Aix-Marseille
Université (AMU) affirmant que l'hydroxychloroquine associée à
l'azithromycine pouvait réduire la charge virale plus rapidement qu’en
l'absence de traitement. D'autres articles de ce groupe de
chercheurs dirigé par le Professeur Didier Raoult et/ou son bras droit le
Professeur Eric Chabrière, semblent également contenir des problèmes, allant
d'images potentiellement dupliquées à des soucis éthiques. Dans ce billet, j'ai rassemblé
les articles du groupe Raoult et Chabrière qui présentent des problèmes
d'image. Ce billet n'est pas une accusation de mauvaise conduite, mais une
compilation de problèmes potentiels trouvés dans 22 différents articles de ce
groupe. J'invite les auteurs à lever tout doute en fournissant les images
originales. Doutes concernant des images
dupliquées Un ensemble d'au moins 22
articles du groupe AMU/IHUMI semble présenter des images problématiques,
notamment des similitudes inattendues entre les groupes de figures ou même à
l'intérieur d’une même série de figures. Toutes ces images ont été publiées sur
Pubpeer, j’en ai repéré dix-neuf d’entre elles. À ce jour, les auteurs n'ont
pas répondu à la plupart de ces messages PubPeer et n'ont pas corrigé les
erreurs. Duplications de catégorie I Certains articles, tels que DOI :
10.1093/ajcp/101.3.318 [PubPeer]
ou 10.1016/j.ijid.2006.10.005
[PubPeer]
semblent contenir de "simples" duplications dans les groupes de
figures. Comme expliqué dans un
post précédent, je classe ces duplications de Catégorie I, la même photo
est utilisée pour représenter deux expériences différentes. Ces types de
duplications simples peuvent souvent être des erreurs honnêtes, où quelque
chose s'est mal passé pendant la soumission de l'article ou le traitement du
manuscrit. Un joyeux "Oups, oui, vous avez raison, nous avons fait une
erreur" aurait suffi, et ces duplications auraient pu être facilement traités
par un rectificatif. Malheureusement, les auteurs n'ont pas répondu à la
plupart des messages publiés sur PubPeer. Source: DOI: 10.1093/ajcp/101.3.318 [PubPeer]
: même photo sur les figures 1 et 2 Partie b et c se ressemblant fortement Source: DOI 10.1371/journal.pntd.0001540
[PubPeer] La Figure 2 semble identique à la Figure 1 dans https://doi.org/10.4269/ajtmh.12-0212
[PubPeer] Comme l’a remarqué François-Xavier Coudert Dans l'article DOI 10.1002/jcb.22135
[PubPeer], les deux figures de cytométrie en flux 32h semblent étonnamment
similaires, alors que les pourcentages « gated » sont différents.
L'un des auteurs a d'abord répondu sur Pubpeer et Twitter que les deux images
n'avaient pas l'air identiques, mais a ensuite admis qu'elles avaient l'air
"étrangement similaires". Source: DOI 10.1002/jcb.22135 [PubPeer],
Deux figures ont l’air identiques mais ont des pourcentages « gated »
différents. La même
photo semble avoir été utilisée dans deux articles, DOI : 10.1016/j.nmni.2017.12.006
[PubPeer]
où elle représente la bactérie Bacillus salis, et DOI : 10.1002/mbo3.638 [PubPeer]
où elle représente la bactérie Gracilibacillus timonensis. Duplications
de catégorie II Deux
articles de cette série contiennent des duplications de catégorie II, où les
images se chevauchent ou peuvent avoir été retournées, inclinées, etc. Le DOI 10.4269/ajtmh.15-0436 [PubPeer]
a été corrigé après publication du commentaire sur PubPeer. Dans cet article,
trois des quatre panneaux de la figure 1 montraient le même spécimen. Les zones
de chevauchement, marquées ci-dessous par des cadres bleus et magentas, n'étaient
pas toujours dans les mêmes dimensions. Il semble que les images aient pu être
étirées différemment, ce qui serait inattendu si l’erreur était involontaire.
Pourtant, le journal a accepté un nouvel ensemble de panneaux dans la
correction de juillet 2020. Les auteurs ont écrit : "Ces panneaux
résultent d'erreurs commises par un chercheur qui ont échappé aux autres
auteurs. Plus précisément, une seule image a été insérée de manière
inappropriée pour représenter trois expériences différentes." Source : DOI
10.4269/ajtmh.15-0436 [PubPeer] Trois
panneaux semblent se chevaucher l'un l'autre. Cette remarque a été prise en
compte dans une correction. Le document
DOI 10.1371/journal.pone.0010041
[PubPeer]
contient une figure dans laquelle deux panneaux pourraient montrer la même
feuille. La feuille A
ressemble beaucoup à la feuille B Dans
l'article DOI 10.1128/JCM.01714-06 [PubPeer], publié par l'American Society for
Microbiology (ASM), les figures 3A et 4A semblent montrer le même transfert,
bien qu'elles soient recadrées différemment. Il convient de noter que le nom de
l'auteur principal Didier Raoult a été supprimé entre l'acceptation de
l'article [JCM
Accepts version ; archivé] et la
publication du PDF
sur le site Web de la revue. En 2006, l'année où cet article a été publié,
Raoult a été interdit de publication dans les revues de l'ASM pendant un an, ce
qui pourrait avoir un rapport avec la suppression du nom de l'auteur (source : https://science.sciencemag.org/content/335/6072/1033). Source : DOI
10.1128/JCM.01714-06
[PubPeer]. L’image A de
la Figure 3 ressemble beaucoup à l’image A de la Figure 4 Dans DOI 10.1089/vbz.2012.1083 [PubPeer],
deux bandes de Western blot sont étonnamment similaires, bien qu'avec des
expositions et des recadrages différents. Trouvé par l'utilisateur de PubPeer
Trichoderma Viridescens. Source : DOI
10.1089/vbz.2012.1083 [PubPeer] Deux bandes
de Western blot représentant des sérums différents semblent plus similaires que
prévu. Dans DOI : 10.1016/j.cimid.2018.06.004
[PubPeer],
deux blots incubés avec des sérums différents semblent remarquablement
similaires, bien que présentés à des expositions différentes et avec des légendes
différentes. Les auteurs n'ont pas répondu sur PubPeer, mais ont admis au
journal que ces deux blots étaient effectivement dupliqués. L'article a été
corrigé quelques mois plus tard. Source : DOI
: 10.1016/j.cimid.2018.06.004
[PubPeer]
- maintenant corrigé. Deux blots
semblent remarquablement similaires Duplications
de catégorie III Au moins 10
articles d'AMU/IHUM présentant des problèmes d'image contiennent des
duplications de catégorie III, où les figures semblent avoir été modifiées ou
contenir des éléments dupliqués. Ces types de duplications sont les plus
susceptibles d'être le résultat d'une intention de tromper. Des
duplications de catégorie III ont été trouvées dans ces documents : Deux paires de bandes
dans les Western blots se ressemblent plus que prévu Source : DOI
10.1128/iai.68.10.5673-5678.2000
[PubPeer]
Certaines pistes
de Western blot semblent plus similaires que prévu Les cellules
dans ces figures de microscopie semblent être entourées de marques de transition
horizontales et verticales nettes, comme si elles avaient été copié-collées. Les cases de
la même couleur montrent des zones (certaines incluant des bandes) plus
semblables les unes aux autres que prévu dans ces gels d'ADN. Certaines
zones de ce Southern blot sont étonnamment similaires. Certaines parties de ces Western blots sont plus similaires que
prévu, comme indiqué par des encadrés de même couleur. Source : DOI 10.1128/AEM.03075-05
[PubPeer] Certaines zones de cette photo prise au microscope électronique à
transmission sont étonnamment similaires les unes aux autres. Source : DOI 10.3389/fmicb.2010.00151
[PubPeer] La photo du bas semble avoir été créée à partir d'éléments de la
photo du haut, elle-même tirée de Wikipedia sans être citée. L'original par
Philippinjl peut être trouvé ici : https://commons.m.wikimedia.org/wiki/File:Api20e.jpg Source : DOI 10.1371/journal.ppat.1003827
(maintenant rétracté) [PubPeer]. Trois pistes dans ce gel d'ADN semblent très similaires les unes
aux autres. Source : DOI 10.1016/B978-0-323-55512-8.00069-7
[PubPeer]
Deux zones dans les Western blots A et C semblent très similaires
l'une à l'autre, alors que la piste du marqueur semble différente La deuxième partie examinera les articles du groupe IHUMI/AMU
présentant des problèmes éthiques potentiels.
Ceci est la deuxième partie décrivant
les articles des instituts IHUMI/AMU à Marseille, en France, contenant de
potentiels problèmes. Dans la première
partie, j'ai dressé la liste des documents présentant des problèmes
d'image. Dans cette suite, je vais me concentrer sur une série d'articles qui
pourraient présenter des problèmes liés à des recherches sur des personnes humaines
n'ayant pas reçu l'approbation éthique appropriée. Les articles couvrent une
décennie de recherche sur les sans-abris à Marseille, et impliquent différentes
études et spécimens - mais tous ont été réalisés sous un seul numéro
d'approbation IRB. Crédit photo :
Jon Tyson @jontyson sur Unsplash La recherche sur l'homme
nécessite une approbation éthique Dans la plupart des pays, les
recherches menées sur des sujets humains doivent être approuvées par un comité
institutionnel (Institutional
Review Board, IRB ; le nom de cet organisme peut varier selon les pays,
mais j'utiliserai ici le terme américain). Il s'agit d'un comité qui examine
les propositions de recherche impliquant des participants humains, afin de
s'assurer que les sujets sont recrutés et traités équitablement, de les
protéger contre les dommages physiques et psychologiques, et de s'assurer que
la recherche respecte toutes les règles éthiques. Dans l'ensemble, il s'assure
que la recherche respecte la déclaration
d'Helsinki de l'Association médicale mondiale sur l'éthique de la recherche
sur l'homme. Les propositions de recherche
soumises à l'approbation de l'IRB doivent généralement être spécifiques en
termes de : combien de sujets seront recrutés ; comment, quand et où ils seront
recrutés ; quel type de recherche sera mené ; et quels types d'échantillons ou
de données seront collectés. En général, l'approbation de l'IRB pour une étude
ne peut être utilisée pour d'autres recherches. Par exemple, un chercheur qui
obtient l'approbation de l'IRB pour une étude recrutant 50 participants à qui
l'on demande de donner un échantillon de selles ne peut pas utiliser le même
protocole deux ans plus tard pour demander à d'autres personnes de donner un
échantillon de sang. Pour obtenir l'approbation de l'IRB, chaque étude doit
être décrite en détail. On ne peut pas simplement collecter des ensembles
d'échantillons très différents sous l'approbation donnée pour une étude
précédente. Recherche sur des populations
vulnérables L'approbation de l'IRB pour une
étude est particulièrement importante pour les recherches impliquant des
populations vulnérables, telles que les prisonniers, les anciens combattants,
les femmes enceintes, les personnes ayant des problèmes de santé mentale, les
étudiants et les enfants. Dans de telles situations, les participants doivent
bénéficier d'une protection supplémentaire contre tout préjudice potentiel et
contre toute "coercition et
influence indue". La coercition signifie qu'un participant peut avoir
l'impression qu'il n'aura pas accès à quelque chose de fondamental, comme des
services de santé, s'il ne participe pas à l'étude ; tandis que l'influence
indue signifie que la participation peut se traduire, par exemple, par l'octroi
de crédits supplémentaires à un étudiant qui prend part à la recherche. Les
méthodes de recrutement doivent donc garantir que les sujets ne ressentent
aucune pression inutile pour participer. Bien entendu, les règles de l'IRB
peuvent varier d'un pays à l'autre. Aux États-Unis, l'approbation de l'IRB pour
les recherches sur des sujets vulnérables est strictement réglementée. Étant donné que ce billet de blog
porte sur une série d'études sur les sans-abris (voir plus de détails
ci-dessous), examinons brièvement certaines des préoccupations éthiques que
cela pourrait soulever. Les sans-abris peuvent être considérés comme une
"population vulnérable" (c'est-à-dire vulnérable à la coercition),
comme les anciens combattants ou les prisonniers. Voir, par exemple, ici, ici et ici.
On pourrait imaginer que si des sans-abris entrent dans un refuge et sont
invités à participer à une étude de recherche, ils pourraient ressentir une
pression pour participer, afin d'avoir un lit et un repas ce soir-là. Même si
la participation à l'étude n'influe pas réellement sur le droit de la personne
à rester dans le refuge, une personne sans-abri pourrait craindre que ce soit
le cas, ce qui lui ferait ressentir plus de pression que les chercheurs bien
intentionnés ne l'auraient prévu. Dans de telles situations, les protocoles de
recherche doivent être examinés par des comités IRB afin de garantir que les
personnes recrutées ne subissent aucune conséquence négative en ne participant
pas à l'étude. La recherche sur les sujets
humains en France En France, les recherches
impliquant des personnes humaines ne peuvent être approuvées par l'institut de
recherche lui-même. Depuis 1988, ces recherches doivent être approuvées par
l'un des 39 Comités
de Protection des Personnes (CPP) régionaux. Le niveau le plus élevé de recherche
sur l'homme - appelé RIPH1 - nécessite même l'approbation préalable de l'ANSM,
l'Agence nationale de sécurité du médicament et des produits de santé. Malgré ces règles éthiques
strictes en France, de nombreux articles produits par les groupes de
l'IHUMI/AMU de Marseille dirigés par le professeur Raoult semblent contenir des
problèmes avec le processus d'approbation de la recherche sur la personne
humaine. Un
article paru en juillet 2021 dans le journal français L'Express, décrit
plusieurs études du groupe Raoult qui semblent avoir été publiées sans
l'approbation du CPP. Certaines d'entre elles incluaient des enfants. L'article
décrit également plusieurs séries d'études de Raoult, toutes réalisées sous le
même numéro d'approbation. Article
de l’Express par Victor Garcia, Juillet 2021. Source: https://www.lexpress.fr/actualite/sciences/enquete-a-l-ihu-les-petits-arrangements-de-didier-raoult-avec-l-ethique-et-la-loi_2155083.html Une décennie de recherches sur
les sans-abri - toutes utilisant le même numéro d'approbation IRB Un ensemble de 17 articles (voir
ci-dessous pour la liste complète), couvrant 10 ans de recherche sur les
sans-abris à Marseille, semble avoir été réalisé sous le même numéro
d'approbation IRB, le 2010-A01406-33. Bien que toutes ces études aient
porté sur des sans-abris recrutés dans des centres d'hébergement de Marseille,
les études elles-mêmes ont utilisé des protocoles d'étude et des méthodes de
traitement/prélèvement d'échantillons très différents. Les études comprenaient
la collecte de poux sur le corps des sujets, le traitement des sujets infestés
de poux avec des sous-vêtements imprégnés de médicaments, le remplissage de
questionnaires, des examens médicaux, des prélèvements nasaux et pharyngés, des
écouvillonnages de la peau, des prises de sang, des échantillons rectaux, des
prélèvements de crachats et des radiographies pulmonaires. D'après les articles, il n'était
pas clair si la même approbation 2010-A01406-33 couvrait toutes ces différentes
méthodologies d'étude et types d'échantillonnage. Dans certaines des 17 études de
cette série, le numéro d'approbation de l'IRB est présenté comme une
approbation locale, obtenue par Aix-Marseille Université ou l'IHU. Dans
d'autres études, telles que DOI 10.1371/journal.pone.0058088,
le même numéro est inscrit comme ID d'autorisation RCB de l'ANSM, comme dans
"Le consentement éclairé a été obtenu de ces sujets, et l'étude a été
approuvée par le Comité de Protection des Personnes Sud Méditerranée le 12
janvier 2011 (ID RCB : 2010-A01406-33)". Les auteurs ont donc peut-être
confondu la nature du comité qui a approuvé cette recherche. Qui a approuvé 2010-A01406-33 ? Quoi qu'il en soit, il serait
utile de savoir si les 17 études réalisées sur cette population vulnérable
relevaient toutes du champ d'approbation initial de l'IRB. Et à qui appartenait
ce numéro d'approbation ? Était-ce l'IHU lui-même ? L'un des 39 CPP français ?
Ou l'ANSM ? En mars 2021, j'ai envoyé un
courriel au CPP Sud Méditerranée pour demander quel type de recherche était
couvert par 2010-A01406-33, et ils ont répondu (c'est moi qui souligne) :
"Le numéro RCB : 2010-A01406-33 a été donné par l'ANSM. Il est trop compliqué
pour nous de revenir à nos archives papier de 2010 mais nous pouvons certifier
que ce protocole d'étude a été approuvé par notre CPP." Apparemment, le CPP n'avait pas
entendu parler d'ordinateurs, de fichiers et de PDF en 2010, nous ne pouvons
donc que craindre que notre ami 2010-A01406-33 vive dans une boîte poussiéreuse
du troisième sous-sol, dans les souterrains les plus profonds sous les rues de
Marseille. Voilà
comment je m’imagine les sous-sols du CPP Sud Méditerranée. Dans quelle boîte se
trouverait le 2010-A01406-33 ? Source: U.S. Army Corps of Engineers Europe District, https://www.flickr.com/photos/34728058@N08/4382104364 Une demande similaire
d'informations supplémentaires envoyée par e-mail à l'Agence nationale de sécurité du médicament et
des produits de santé (ANSM) est initialement restée sans réponse, mais fin
juillet 2021, ils m'ont envoyé une copie de la page de titre d'une approbation
de 2010-A01406-33 datée du 21 janvier 2011. Le titre du protocole est "Eradication
du portage du pou de corps par vêtements imprégnés de permethrine : essai
comparatif versus placebo en double aveugle dans les populations défavorisées
de Marseille". Un seul numéro pour les gouverner
tous L'agrément que m'a envoyé l'ANSM
n'est qu'une page de titre sans aucun détail, mais d'après le titre de l'étude,
il semble couvrir une recherche qui a été publiée en 2014, à savoir : Effet
des sous-vêtements imprégnés de perméthrine sur les poux de corps chez les
personnes sans abri : A Randomized Controlled Trial - JAMA Dermatol.
2014;150(3):273-279 - DOI : 10.1001/jamadermatol.2013.6398 - 2014 - [PubPeer] Dans cette étude, enregistrée sur
ClinicalTrials.gov,
125 personnes sans domicile fixe ont été recrutées dans des centres
d'hébergement à Marseille afin d'étudier l'effet de sous-vêtements imprégnés de
perméthrine sur les poux de corps. Sur la base de la documentation
2010-A01406-33 obtenue, il n'est pas clair si l'approbation contenait un
langage spécifique pour garantir que les sujets de l'étude - les sans-abri -
étaient traités avec respect et ne ressentaient aucune pression pour
participer. Autre sujet de préoccupation,
l'autorisation ne semble pas couvrir le prélèvement de poux corporels, les
prises de sang, la collecte de crachats ou les écouvillonnages rectaux. Pourtant,
16 autres études ont utilisé ce même numéro d'autorisation. Bien que la plupart
d'entre elles aient également été réalisées dans des centres d'hébergement pour
sans-abri à Marseille, elles portent sur des études et des spécimens
complètement différents. Liste des articles utilisant
2010-A01406-33 Voici une liste des 17 articles
qui mentionnent le numéro d'approbation 2010-A01406-33 (notez que la recherche
de Google Scholar donne 21 résultats, mais certaines entrées sont des doublons,
ou des versions preprint). J'ai fait part de mes préoccupations concernant ces
17 articles sur PubPeer le 17 mars 2021, avec un courriel envoyé à l'auteur
correspondant et à d'autres personnes. Comme vous le verrez dans la
liste, la plupart des articles s'écartent considérablement de l'approbation
initiale, à savoir celle de l'étude de 2014 sur les sous-vêtements imprégnés
(indiquée ci-dessous en gras). Ces articles impliquent des prélèvements intimes
et invasifs sur des sujets sans-abri, notamment la collecte de poux de tête et
de corps, un prélèvement pharyngé, une prise de sang et des écouvillons
rectaux. Il se peut que des détails
importants manquent dans le texte de ces articles et que les études aient été
réalisées conformément aux règles ou aux nouvelles autorisations du CPP ou de
l'ANSM. Une simple réponse des auteurs
pourrait clarifier ces questions, mais malheureusement, aucun des articles
listés ci-dessous n'a reçu de réponse des auteurs sur leurs posts PubPeer. J'attends toujours une réponse
officielle. Sans-abri
dans un tunnel. Credit: Mihály Köles @mihaly_koles at Unsplash
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